Mục tiêu dài hạn của WTO là tiến đến một thị trường thế giới tự do, bình đẳng.  Nó sẽ là điều tất yếu khi và  chỉ khi  WTO thực sự là  một sân chơi bình đẳng. Có nghĩa là tất các các sản phẩm buôn bán trên thị trường thế giới không có bất cứ một sự can thiệp nào từ phía Nhà nước thông qua các khoản hỗ trợ, trợ cấp...  hoặc nếu có thì phải có sự hỗ trợ, trợ cấp ngang bằng nhau đối với các sản phẩm nông nghiệp cùng loại ở các nước khác nhau.

Câu hỏi đặt ra là  tự do hoá thực sự hay là tự do nửa vời?  Các nước phát triển đã thực sự  hỗ trợ và hành động vì lợi ích của các nước đang phát triển hay không? Các nước đang phát triên có được hưởng ưu đãi thực sự nhằm bảo vệ và hỗ trợ người nghèo cùng phát triển hay chưa? Gia nhập WTO là điều tất yếu, vì nước ta không thể nằm ngoài cuộc chơi.

Tuy nhiên việc gia nhập WTO sẽ ảnh hưởng như thế nào đến nền kinh tế nông nghiệp ở nước ta? Những cái lợi mà chúng ta chờ mong từ tự do thương mại thực sự không chỉ là giá cả, khối lượng xuất khẩu, mà còn liên quan đến nhiều khía cạnh khác như:  lao động, an ninh lương thực... Hiện tại, trong cuộc chơi WTO còn có một số điểm ảnh hưởng đến cuộc sống và an ninh lương thực là:

Thứ nhất, sự trợ giá của các nước phát triển, kìm hãm phát triển sản xuất các nước đang phát triển. Hiện vẫn còn nhiều nước phát triển vẫn duy trì các hình thức hỗ trợ, trợ cấp nông nghiệp ở mức cao, gây ảnh hưởng đến sự công bằng, kìm hãm phát triển sản xuất ở các nước đang phát triển. Sự trợ giá này có ảnh hưởng sâu sắc đến sự cạnh tranh của các  mặt hàng nông sản của nước ta, đặc biệt ảnh hưởng tới các nhà sản xuất nhỏ. Sự cạnh tranh và thương mại bất bình đẳng có nguy cơ dẫn đến rủi ro mất sinh kế, hoặc mất các hoạt động sản xuất truyền thống. ở một số nước, chủ yếu là các nước phát triển, lao động trong lĩnh vực nông nghiệp, nông dân được Nhà nước cấp một khoản hỗ trợ nhằm tạo sự cân bằng thu nhập. Các khoản hỗ trợ có thể được thanh toán trực tiếp (tiền mặt) hoặc gián tiếp (trợ giá vật tư nông nghiệp, hoặc các chính sách ưu đãi khác). Cho dù tính theo cách nào thì các hình thức hỗ trợ này cũng khiến cho người nông dân sản xuất ngày càng nhiều nông sản, mà thực tế giá thành thực chất dưới giá trị của sản phẩm.  Sự khuyến khích này dẫn đến sự gia tăng sản lượng nông nghiệp. Sự dư thừa trên thị trường nội địa của các nước phát triển dẫn đến nhu cầu xuất khẩu ngày càng lớn. Việc xuất khẩu các sản phẩm nông nghiệp được trợ cấp này chính là sự cạnh tranh phá giá đối với sản phẩm các nước đang phát triển.  Với sự cạnh tranh dưới giá thành lớn như thế  thì các nhà sản xuất nhỏ và  đại bộ phận nông dân ở các nước đang phát triển khó có thể 'đứng vững' được. Vì các đối tượng này cơ bản thiếu vốn và thiếu trình độ kỷ thuật; thiếu kiến thức, kỹ năng, phương pháp liên kết và hợp tác. Những tổ chức như thế sẽ có nguy cơ phá sản rất cao. Các tổ chức này phá sản sẽ kéo theo hàng loạt người lao động có nguy cơ mất việc làm, mất nguồn thu nhập chính. Vì thế họ sẽ phải đứng trên bờ vực thẳm của sự nghèo nàn và tụt hậu. Sự phân hoá giàu nghèo sẽ có cơ hội  phát triển.

Thứ hai là, sự lây lan của các tác nhân gây hại. Sự mở cửa thị trường nông phẩm, việc các tác nhân gây hại có điều kiện lây lan là không tránh khỏi. Tự do hoá thương mại làm cho một số loại sản phẩm nông sản có thể gây nên sự ngộ nhận về giá trị kinh tế ở các nước đang và chậm phát triển. Trong khi đó, các loại sản phẩm biến đổi gen, hoặc các loại sản phẩm chứa mầm gây bệnh có tác hại xấu đến sức khoẻ người tiêu dùng sẽ dễ dàng được nhập khẩu vào thị trường các nước đang phát triển hơn. Với hệ thống kiểm định chất lượng sản phẩm yếu hoặc chưa đồng bộ về phương tiện kỹ thuật, việc ngăn chặn các loại sản phẩm này là một vấn đề khó khăn cho các nước đang phát triển.

Việc chuyển dịch cơ cấu cây trồng, vật nuôi cũng sẽ dẫn đến việc du nhập giống từ bên ngoài. Với hệ thống kiểm định chất lượng sản phẩm yếu và chưa đồng bộ về phương tiện kỹ thuật, việc ngăn chặn các loại sản phẩm này là một vấn đề khó khăn cho  các nước đang phát triển nói chung và cho nước ta nói riêng. Trường hợp du nhập giống cá mè trắng từ Trung Quốc đã mang theo loại sán lá đơn chủ và 4 loại ký sinh trùng chưa hề có ở nước ta; du  nhập giống ốc bươu vàng đã gây nên sự phá hoại lúa. Việc Công ty cổ phần vật tư nông nghiệp Nghệ An đã nhập về và bán cho nông dân ở 9 huyện của Nghệ An 94,5 tấn giống lúa lai gieo cấy  vụ hè thu 2005, trên tổng diện tích  là 4.000 ha, thì  có đến 3.634 ha  mất trắng,  Vụ mất mùa do lúa lai gây ra đã làm giảm sản lương lương thực của Nghệ An năm 2005  xuống gần 14.000 tấn. Nhưng điều đau lòng hơn là hàng  chục ngàn hộ gia đình rơi vào cảnh  trắng tay hoang mang, khốn khó.  Đó là chưa tính đến mầm bệnh sâu đục thân từ vụ hè thu có thể tiếp tục gây hại cho lúa đông xuân sắp tới. Đây cũng là một nguyên nhân dẫn đến sự bất ổn và không bảo đảm được an ninh lương thực và ảnh hưởng trực tiếp đến đời sống người nông dân, nhất là nông dân nghèo.